Fjöldi rannsókna hafa verið gerðar hjá Þekkingarsetri Suðurnesja. Áherslan í rannsóknunum hefur helst verið á sviði sjávarvistfræði og eiturefnavistfræði þar sem áhrif mengandi efna á sjávarlífverur eru rannsökuð. Rannsóknir á fuglum eru einnig viðamikill hluti starfseminnar í Þekkingarsetrinu enda býður nánasta umhverfi setursins upp á mikla möguleika á því sviði.
Nánar má lesa um viðfangsefni rannsókna og helstu samstarfsaðila hjá stoðstofnunum setursins: Náttúrustofu Suðvesturlands og Rannsóknasetri HÍ á Suðurnesjum.